Der freie Beruf ist nach dem Einkommensteuergesetz und der Gewerbeordnung zu qualifizieren. §18 EStG besagt:

Zu der freiberuflichen Tätigkeit gehören die selbständig ausgeübte wissenschaftliche, künstlerische, schriftstellerische, unterrichtende oder erzieherische Tätigkeit, die selbständige Berufstätigkeit der Ärzte, Zahnärzte, Tierärzte, Rechtsanwälte, Notare, Patentanwälte, Vermessungsingenieure, Ingenieure, Architekten, Handelschemiker, Wirtschaftsprüfer, Steuerberater, beratenden Volks- und Betriebswirte, vereidigten Buchprüfer, Steuerbevollmächtigten, Heilpraktiker, Dentisten, Krankengymnasten, Journalisten, Bildberichterstatter, Dolmetscher, Übersetzer, Lotsen und ähnlicher Berufe. Ein Angehöriger eines freien Berufs im Sinne der Sätze 1 und 2 ist auch dann freiberuflich tätig, wenn er sich der Mithilfe fachlich vorgebildeter Arbeitskräfte bedient; Voraussetzung ist, dass er auf Grund eigener Fachkenntnisse leitend und eigenverantwortlich tätig wird.

Die freiberufliche Tätigkeit steht einem Gewerbe (also einer gewerblichen Tätigkeit) grundsätzlich im Wege. Die Unterscheidung hat steuerrechtliche Konsequenzen. Auch wirkt sie sich auf die Pflicht zur Anmeldung beim Gewerbeamt aus. Bei einem freien Beruf genügt die Anmeldung beim Finanzamt und die Vergabe einer Steuernummer. Mit der Anzeige wird das Finanzamt mitteilen, wie es die Art der Tätigkeit bewertet bzw. ob der Status Freiberufler gewährt wird.1

Freie Berufe unterliegen nicht der Gewerbesteuer. Die Frage lautet also: 
Ist der Mediator ein freier Beruf im Sinne des Einkommenssteuergesetzes und der Gewerbeordnung?

Seit dem Inkrafttreten des Mediationsgesetzes ist festgelegt, dass der Mediator eine unabhängige Person im Verfahren ist und somit auch eine unabhängige Tätigkeit ausübt. Seine Tätigkeit ist wissenschaftlich fundiert (siehe Mediationstheorie) und sicher ähnlich einem Rechtsanwalt, wo die Nähe zur Mediation bereits im §18 BORA als Tätigkeit eines freien Berufs erfasst ist. Dort wird ausgeführt:
Wird der Rechtsanwalt als Vermittler, Schlichter oder Mediator tätig, so unterliegt er den Regeln des Berufsrechts.

Natürlich gibt es eine Nähe auch zu den anderen in §18 EStG aufgeführten Berufen. Auch wenn die Mediation selbst keine beratende Tätigkeit ist, hat sie beratende Inhalte (z.B. über das Verfahren und den Weg der Lösungsfindung, gegebenenfalls auch über die gefundene Lösung). Die Formulierung im §1 Abs. 2 Mediationsgesetz belegt die leitende (er führt durch das Verfahren) und eigenverantwortliche Tätigkeit. Nach §5 Mediationsgesetz ist eine Ausbildung zwingend erforderlich. Die Ausbildung zum Mediator ist vornehmlich (noch) eine berufliche Weiterbildung und setzt eine (meist akademische) andere Berufsausbildung voraus. Das sehen wenigstens die Ausbildungsanforderungen vieler Ausbildungsinstitute so vor. Die Ausbildungsverordnung (ZMediatAusbV) hat sich allerdings von dem Erfordernis einer vorausgegangenen Hochschul- oder Berufsausbildung gelöst. Somit könnte die Tätigkeit des Mediators zumindest dem gewerblichen Begriff des Freiberuflers widersprechen. Die gewerberechtliche Abweichung führt zwar nicht zur Gewerbesteuerpflicht, wohl aber zur gewerblichen Anzeigepflicht nach §14 GewO. Das BVerwG hat dazu am 27.2.2013 unter dem Aktenzeichen 8 C 8.12 und über die Tätigkeit eines Berufsbetreuers folgendes ausgeführt:

In der Rechtsprechung hat der Begriff des Freien Berufs für den Anwendungsbereich der Gewerbeordnung hinreichende Konturen erlangt. Danach ist darauf abzustellen, ob es sich um eine wissenschaftliche, künstlerische oder schriftstellerische Tätigkeit höherer Art oder eine Dienstleistung höherer Art handelt, die eine höhere Bildung, d.h. grundsätzlich ein abgeschlossenes Hochschul- oder Fachhochschulstudium, oder eine besondere schöpferische Begabung erfordert. ... Entscheidend hierfür ist, ob eine Betätigung in dem betreffenden Beruf den Besuch einer Hochschule, Fachhochschule oder Akademie objektiv voraussetzt.

Man könnte sagen, dass eine höhere Bildung für den Mediator zwar objektiv erforderlich ist, rechtlich aber (noch) nicht verlangt wird. Anders als in dem vom BVerwG zu entscheidenden Fall, werden für den Mediator aber durchaus die Anwendung wissenschaftlicher Methoden und eine berufliche Ausbildung verlangt. Die auf eine spezielle Ausbildung zurückzuführende Tätigkeit des Mediators stellt eine interdisziplinäre Dienstleistung höherer Art mit einem durchaus schöpferisch gestaltenden, wissenschaftlich zu begründenden Gehalt dar, wenn er die Mediation nach den Regeln der Kunst durchführt, worauf die Ausbildung ausgerichtet sein sollte. Somit ist der Mediator unabhängig von seinem Grundberuf sowohl im gewerberechtlichen wie im einkommenssteuerrechtlichen Verständnis als freier Beruf einzuschätzen.

Weitere Hinweise zur Problematik: